Научная медицина использует шишкоягоды в ле­чебных целях. Они содержат до 2% эфирного масла, в состав которого входят камфен, кадинен, борнеол, терпинеол, пинен и другие терпены, до 40% Сахаров, органические кислоты, красящее вещество. В виде настоев применяются как мочегонное и дезинфици­рующее мочевые пути, а также как отхаркивающее при заболевании органов дыхания. Настой можже­веловых ягод улучшает пищеварение.
Эфирное масло, получаемое из плодов, обладает сильными дезинфицирующими свойствами. Его при­меняют для лечения трихомонадных кольпитов. К сожалению, в научной медицине можжевельник используется мало, зато народной медициной доволь­но широко применяются и хвоя, и плоды, и эфирное масло можжевельника.
Хвоя богата фитонцидами. Установлено, что за сутки гектар можжевельника насыщает воздух 30 кг фитонцидов, и этого достаточно, чтобы очи­стить воздух большого города от микробов. В быту хвою можжевельника используют для окуривания с целью дезинфекции помещений после пребыва­ния в них инфекционных больных. В крестьян­ских избах дымом сгорающих веток можжевель­ника изгоняли вредных насекомых.